المختار الثقفي شخصية جدا كبيرة وعظيمة وصاحب شجاعة رهيبة ورائعة وعندما استلم الخلافة سار على نهج الامام علي بن ابي طالب ( ع ) كما انه طالب بدم الحسين بن علي وقتل جمعاً من قتلته وقطع رؤوس كل من شارك في معركة الطف ضد الامام الحسين ( ع ) وكان من المقربين للائمة الطاهرين ( عليهم السلام ) كما قالت السيدة زينب ( ع ) (( المختار عمنا )) وكما قال الامام محمد الباقر ( ع ) لاتسبوا المختار الثقفي فإنه قتل قتلتنا وطلب ثأرنا وزوج أراملنا وقسم فينا المال على العسرة ، وهناك بعض الاحاديث عن الائمة ومدحهم للمختار الثقفي . ولكن المختار لم يشارك في معركة الطف الذي قتل فيها الامام الحسين ( ع ) واهل بيته لانه كان في السجن ، وتم حبسه حتى مقتل الامام الحسين بن علي ( ع ) ، وكان المختار يقول في السجن «أما ورب البحار والنخيل والأشجار والمهامة والقفار والملائكة الأبرار والمصطفين الأخيار، لأقتلن كل جبار بكل لدن خطار ومهند بتار بجموع الأنصار ليس بمثل أغمار ولا بعزل أشرار حتى إذا أقمت عمود الدين، وزايلت شعب صدع المسلمين، وشفيت غليل صدور المؤمنين وأدركت ثار النبيين، لم يكبر على زوال الدنيا، ولم أحفل بالموت إذا أتى .

ثم بعث المختار إلى عبد الله بن عمر بن الخطاب يسأله أن يشفع فيه، وقد كان ابن عمر زوج أخت المختار صفيه بنت أبي عبيد، فكتب ابن عمر إلى يزيد بن معاوية يشفع فيه، فأرسل يزيد إلى ابن زياد يأمره بإطلاقه فأطلقه. وقال له إن وجدتك بعد ثلاثة أيام بالكوفة ضربت عنقك .

كان المختار يطالب بدم الحسين بن علي ورفع شعار يالثارات الحسين وكان موكلاً من محمد بن علي بن أبي طالب المعروف بابن الحنفية .

فقتل أغلبية من شارك في قتال الحسين بن علي بن أبي طالب، وعلى رأسهم عمر بن سعد وشمر بن ذي الجوشن وعبيد الله بن زياد وحرملة بن كاهل الأسدي وعبد الرحمن بن سعيد بن قيس الكندي وسنان بن أبي أنس وخولي بن يزيد الأصبحي والحصين بن نمير وكذلك منع النوم عنهم لخوفهم من المختار .

بايع المختار الثقفي الحسن بن علي بالخلافة بعد مقتل علي بن أبي طالب خليفة المسلمين الرابع عام 40 هـ، كما فعل أهل العراق. ثم خرج بالناس حتى نزل المدائن، ثم نفر الناس عن الحسن، وانقلبوا عليه ونهبوا سرادقه حتى نازعوه بساطًا كان تحته وخرج الحسن حتى نزل المقصورة البيضاء بالمدائن. وكان عم المختار عاملاً على المدائن واسمه سعد بن مسعود، ويروى أن المختار قال لعمه "هل لك في الغنى والشرف؟" قال: "وما ذاك؟" قال: "توثق الحسن، وتستأمن به إلى معاوية، فقال له سعد: "عليك لعنة الله، أثب على ابن بنت رسول الله فأوثقه! بئس الرجل أنت"

مقتل المختار الثقفي ، في سنة 67 هـ ولى عبد الله بن الزبير أخوه مصعب بن الزبير على العراق، بعد أن عزل الحارث بن عبد الله بن أبي ربيعة المخزومي عن ولايتها، وطلب منه أن لا يبقي للمختار وأصحابه باقية في العراق. وقد كان كل من كان المختار يطلبه قد فر من الكوفة إلى البصرة، وأرسل مصعب بن الزبير في طلب المهلب بن أبي صفرة، فاستجاب المهلب لذلك، وجاء إلى البصرة في جيش كبير لمساندة جيش مصعب المتوجه لقتال المختار فيالكوفة.[43] أما المختار فقد أرسل جيشًا بقيادة أحمر بن شميط، وجعل على ميمنته عبد الله بن كامل الشاكري وعلى ميسرته عبد الله بن وهب الجشمي وعلى الخيل وزير بن عبد الله السلولي وعلى الموالي كيان أبو عمرةوعلى الرجالة كثير بن إسماعيل الكندي. وسار جيش أحمر بن شميط حتى ورد المذار قرب الكوفة، وعسكر جيش مصعب بن الزبير بالقرب منها، فإلتقى الجيشان فيها. وفي اليوم الأول من القتال، قتل كيان أبو عمرة ومعه جمع كبير من الموالي، بعدما أمرهم أحمر بن شميط بالترجل عن جيادهم، والنزول إلى ساحة المعركة راجلين. فهجمت عليهم خيل جيش مصعب بن الزبير بقيادة عباد بن الحصين، فقتلوا منهم جمعًا كبيرًا، ثم أمر مصعب بن الزبير بالهجوم على جيش المختار، فهجم جيش مصعب وقتل أحمر بن شميط وعبد الله بن كامل الشاكري . وبعد ذلك، سار جيش مصعب بن الزبير إلى الكوفة لقتال المختار، فحوصر المختار في قصره لأربعة أشهر، ثم أراد من أصحابه أن يخرجوا للقتال معه خارج أسوار القصر، فرفضوا. لم يعد أمام المختار من خيار سوى الخروج من القصر لمقاتلة محاصريه، فاغتسل وتحنط ثم وضع الطيب على رأسه ولحيته وخرج في تسعة عشر رجلاً للقتال، كان منهم السائب بن مالك الأشعري، فقاتل قتال الابطال حتى قتل، وقد قتله أخوان يدعى أحدهما طرفة والآخر طرافًا ابنا عبد الله بن دجاجة من بني حنيفة، ثم قطعت كفه وسمرت بمسمار إلى جانب المسجد، وقطع رأسه، وقد كان مقتله في الرابع عشر من رمضان سنة سبع وستين، وله من العمر سبع وستون سنة .

دُفن المختار بعد مقتله في داره وكان قبره مخفي وتختلف الروايات عن شخصية من اكتشف موضعه حيث يروي البعض بان من اكتشفه كان آية الله العظمى السيد محمد مهدي بحر العلوم وذلك عام 1181 هـ فقد وجد صخرة مكتوب عليها بالخط الكوفي هذا قبر المختار بن أبي عبيد الثقفي الآخذ بثارات الحسين ، فيما يروي آخرين ان الشيخ عبد الحسين الطهراني عندما رمم قبور آل البيت في العراق عام 1285 هـ فحص عن مرقد المختار في أنحاء الكوفة واشار إليه السيد رضا محمد بحر العلوم بانه في الزاوية الشرقية بجنب الحائط القبلي من مسجد الكوفة فامر الطهراني بحفر الموضع فظهرت صخرة منقوش عليها هذا قبر المختار بن أبي عبيدة الثقفي وتم اجراء تعميرات على موضع القبر .